Maging ang Unibersidad ay hindi nakaalpas sa kalupitan ng Hapon. Malaking pinsala ang naidulot ng digmaan hindi lamang sa mga estudyante at paring nanunungkulan dito kundi maging sa mga gusali nito.
Sa sulat ni Frederic Stevens, pinuno ng American Emergency Committee sa Maynila, nakiusap siya sa mga paring Dominikano na magamit ang Unibersidad para sa internment ng mga Amerikano at mga kaalyado nito. Sumang-ayon ang mga pari at naging Sto. Tomas Internment Camp ang UST.
Pinagamit ang lahat ng mga gusali ng Unibersidad, maliban sa Seminario, Printing Press at unang dalawang palapag ng Main Bldg., Education Bldg. na UST Hospital na ngayon, Domestic Science Bldg., at School of Mines.
Ipinagbawal ng mga Hapon ang anumang komunikasyon papasok at palabas ng internment site. Bilang pagpapatupad sa kagustuhan ng mga Hapon, pinalibutan ng matataas na sawali ang kalye ng España, at mga konkretong dingding naman sa paligid ng Unibersidad.
Upang makaiwas sa malupit na pamamalakad ng mga Hapon, kooperasyon ang naging tugon ng mga paring Dominikano. Maayos na ginawa ng mga pari ang mga tungkuling iniatas sa kanila habang iniisip ang kabutihan ng mga internees. Pinayagan din ang mga pari ng mga Hapon na direktang magamit ang mga pasilidad ng Unibersidad, gaya ng mga gusali at power plant, ngunit depende pa rin sa desisyon ng mga opisyal ng puwersang Hapon. Mary Elaine V. Gonda, E.T.A. Malacapo, R.A.R. Pascua, Sanggunian: UST in the Twentieth Century ni Josefina Lim Pe
